Wejście do podziemi kościoła prowadzi z niewielkiej sieni, która łączy zakrystię, prezbiterium i wschodnią część krużganka klasztornego.

Pierwszym pomieszczeniem podziemnym jest krypta wschodnia, położona pod prezbiterium (pierwotnie prezbiterium było dwupoziomowe, a krypta stanowiła jego dolną część).