Zespół klasztorny położony jest w południowo-wschodniej części Mogilna, przy ul. Benedyktyńskiej.

Jego zabudowania wznoszą się na pagórku wyniesionym ponad jezioro Mogileński i przyległy teren. Granicę terenu klasztoru wyznacza mur z 2 pół. XVIII w., na którym widnieje data remontu: 1934.

Wejście prowadzi od północy, gdzie dawniej znajdował się most przez fosę (zasypaną w 1899 r.). Trójdzielna brama pochodzi z końca XVIII w., a dzisiejszą formę otrzymała w czasie przebudowy w 1913 r. (data 1065 na niej przypomina fakt ufundowania opactwa w XI w.).